Under mødet blev det såkaldte ”klageskrift mod biskopper” oplæst, hvor ansvaret for de seneste års ulykker og borgerkrigen blev lagt på biskoppernes skuldre. Der blev læst et synderegister op for hver eneste biskop. Mange anklager drejede sig især om at biskopperne havde fået rigsrådet til at udsætte valget om ny konge, tilbage i 1533-1544, og derfor var hovedansvarlig for borgerkrigen. På mødet var der, udover kongen, i alt over 1000 deltagere. De adelige udgjorde 383, og kom fra hele riget. Derudover var der repræsentanter for borgerne i 81 købstæder, og fogder og bønder fra alle herreder i landet.

Udover anklagerne på bisperne, indeholdt mødet forslag til nyordningen af de kirkelige forhold, og hele statsstyret. For ændringer var nødvendige. Da kongen konfiskerede alt kirkegodset, blev han landets største godsejer, og disponerede over omkring 60 procent af landets dyrkede jord. Det var en tredobling af kronens økonomiske grundlag.

Samtidig overtog staten mange af de opgaver kirken før havde haft, hvilket blev nedfældet i en ny grundlov for det danske rige. Ændringerne i de kirkelige og kirkepolitiske forhold indebærer bl.a. at de katolske biskopper for altid vil være fjernet. I deres sted ansættes der kristelige bisper og superattendenter, som skal lære, undervise og prædike folket det hellige evangelium, Guds ord og den hellige kristne tro. Alle der modsatte sig risikerede at miste deres gods og endda livet.

Kongen og adelen beholdt alle deres patronatsrettigheder, men da kongen havde fjernet de katolske biskopper overtog han deres. Han havde nu ret til selv at udnævne præster til mange forskellige embeder. Klostre og domkapitler skulle bevares indtil kongen og hans vise, lærde mænd, foretog en nyordning. Alle der blev boende i disse, skulle fra nu af leve et godt og ærligt kristent klosterliv, hvor Guds Ord ville blive prædiket for dem. Hospitalerne i købstæderne, skulle også gennemgå en reform. Håbet om at den katolske kirkes fald også ville betyde et bortfald af tienden gik ikke i opfyldelse. Denne indtægt ville eller kunne kongemagten ikke undvære, som i stedet for de gamle bisper, fik en tredjedel af indtægten.

Herved afskaffedes bispedømmet definitivt, men kongen har endnu ikke helt besluttet hvordan de kirkelige forhold skal se ud. Egentlig vedtager man kun at der i stedet for de katolske biskopper ansættes superattendenter, altså kristelige biskopper. Det er endnu ikke besluttet hvem der skal vælge disse mænd. Alligevel er det sandt at sige, at reformationen her vedtoges og indførtes af kongen.

Mødet på rigsdagen i København 1536 havde ikke til formål at skjule det faktum at Danmark var adeligt styret. Derimod var det en magtfuld demonstration af rigets samling. Det var vigtigt for Christian III at bevise over for folket, at det var bisperne der var skyld i borgerkrigens rædsler, og at hans magt ikke sad i spydspidsen, men at han derimod lyttede til selv den mindste bonde. Han ville for alt i verden ikke fremstå som en egoistisk usurpator, men derimod som Danmarks retmæssige befrier, der handlede rigtigt ved at arrestere skyldnerne i borgerkrigen.

At der har fundet en reel forhandling sted er dog tvivlsomt, alene af den grund at mødet, og altså vedtagelsen af en ny lov, kun tog ca. 10 dage. Ikke desto mindre blev Christian III efter mødet hyldet på Københavns gader, og havde ved statskuppet skaffet sig hvad fætteren Christian II arbejdede for, nemlig en stærk kongemagt. Det opnåede han pudsigt nok ved hjælp af den adel, som Christian II havde forsøgt at knække.