Den katolske tankegang, skulle udryddes helt. Det var ingen let opgave, da den ofte sad dybt i hjertet. Evangeliet og sakramenterne, dåb og nadver, blev den nye kirkes livskilde. I forhold til recessen blev de lutherske tanker nu mere og mere tydelige. Det skulle forstås at frelsen ikke var opnåelig via gerninger, men  givet af Guds Nåde. Evangeliet omtales som Det Rette og Sande Evangelium og om arbejdet blev der sagt at den som indgår i sit arbejdes ringhed – han udfører Guds værk, enten han er karl eller konge.

Kirken bevarede sin gamle stiftsinddeling, hvor en luthersk biskop, i hvert stift, blev øverste kirkelige leder, direkte ansvarlig for kongen. Alle biskopper var lige, og de udøvede deres åndelige styre på kirkens vegne, men var samtidig kongelige embedsmænd. De gamle katolske biskopper ønskede at kongen indsatte en oversuperintendent, en slags ærkebiskop, hvilket kongen afviste. Kongen indsatte i hvert stift en stiftslensmand, som skulle kontrollere de kirkelige forhold, beskytte kirkegods, have opgaver inden for retten og føre kontrol med det sociale arbejde og undervisningen. Det blev indført, at syv mænd, valgt af menigheden, skulle vælge en præst efter provstens råd. Herefter skulle præsten eksamineres af superintendenten og til sidst udnævnes af stiftslensmanden. Provsten skulle vælges af præsterne, og endeligt skulle fire præster, valgt af samtlige stifts præster, vælge en superintendent, der derefter skulle have kongens stadfæstelse. Kirken blev i praksis igen bispestyret, men denne gang af bisper der skyldte kongen deres stilling, og som ingen politiske eller økonomiske privilegier havde. Hvis kongen derudover havde personlige interesser i at give bestemte mænd kirkeembeder, kunne det naturligvis lade sig gøre. Han havde altid en finger med i spillet, og

Kirken bevarede sin gamle stiftsinddeling, hvor en luthersk biskop, i hvert stift, blev øverste kirkelige leder, direkte ansvarlig for kongen. Alle biskopper var lige, og de udøvede deres åndelige styre på kirkens vegne, men var samtidig kongelige embedsmænd. De gamle katolske biskopper ønskede at kongen indsatte en oversuperintendent, en slags ærkebiskop, hvilket kongen afviste. Kongen indsatte i hvert stift en stiftslensmand, som skulle kontrollere de kirkelige forhold, beskytte kirkegods, have opgaver inden for retten og føre kontrol med det sociale arbejde og undervisningen. Det blev indført, at syv mænd, valgt af menigheden, skulle vælge en præst efter provstens råd. Herefter skulle præsten eksamineres af superintendenten og til sidst udnævnes af stiftslensmanden. Provsten skulle vælges af præsterne, og endeligt skulle fire præster, valgt af samtlige stifts præster, vælge en superintendent, der derefter skulle have kongens stadfæstelse. Kirken blev i praksis igen bispestyret, men denne gang af bisper der skyldte kongen deres stilling, og som ingen politiske eller økonomiske privilegier havde.

Hvis kongen derudover havde personlige interesser i at give bestemte mænd kirkeembeder, kunne det naturligvis lade sig gøre. Han havde altid en finger med i spillet, og optrådte virkelig som superintendentens fader. Den 2. september 1537 blev ordinansen vedtaget i sin latinske udformning, og to år senere blev den udgivet på dansk.