Rigsrådet var en forsamling af kongens rådgivere, som dengang spillede en afgørende politisk rolle. Det bestod af fremtrædende stormænd, som havde til opgave at støtte og rådgive kongen, men som alligevel ofte stod som opposition til kongen, for at fremme egne interesser. Her blev der truffet afgørende beslutninger om den danske kirkes kommende skæbne.

Antageligt var det Christian II’s planer i udlandet der skræmte rigsrådet. Derfor besluttede de bl.a. at pålægge bønderne ekstraskatter gående til oprustning, og at tage mange kirkeklokker ned for at smelte dem om til kanoner. Det blev desuden bestemt på disse ”herre-dage”, at bekræftelsen på udnævnelsen til bispeembeder nu kunne søges hos den danske ærkebiskop, i stedet for paven i Rom. Samtidig skulle de penge man før betalte paven for dette nu gå til kongekassen. Det smarte for kongen ved denne vedtægt lå i, at Danmark ikke havde en retmæssig indviet ærkebiskop på denne tid, og på den måde øgedes hans magt over kirken. Ærkebiskoppen, Aage Spare, var nemlig ikke retmæssigt indviet, da han blev anbragt på embedet af Christian II, og uden pavens tilladelse.

Oven i det lovede godsejerne at de med alt hvad de ejede ville beskytte bisperne, og derfor den katolske kirke, imod truslen fra Luther. Til gengæld lovede bisperne at de aldrig ville købe eller pante nyt jordegods til kirken fra adelen. Et klart eksempel på at hele overklassen i Danmark arbejdede på at beskytte egne interesser. Det passede Frederik I fint, som ved at forhandle på denne måde opnåede at begrænse kirkens magt, og forøge sin egen.

På mødet i 1526 gennemførte de derudover en række bondefjendske ændringer, i form af flere afgifter til kirken. Dette skabte røre i Danmarks storbyer og Malmø. Bønderne nægtede mange steder at betale bispetiende, og kirken mødte mere og mere modstand. På mødet i 1527 blev det derfor bestemt, at bønderne kun skulle betale tiende, og ikke andre mindre afgifter. Kirken gik ind for sagen, da de frygtede helt at miste retten til at opkræve afgiften, og godsejerne accepterede, da det blev foreslået at de selv slap for tienden. Endnu en gang blev der lagt størst vægt på personlige interesser, hvilket kostede kirken magt.

Kirken ønskede til sidst at det skulle gøres strafbart at prædike andet end katolsk, hvilket kongen afslog.