Mens samtlige katolske præster, som følge af kirkeordinansen, blev siddende på deres embeder, og skulle omskoles til lutherdom, blev de nye biskopper de centrale personer under opbygningen af den lutherske kirke.
Der blev lagt stor vægt på at biskopperne personligt mødtes med præster og menighed. Dette skete gennem mødevirksomheden og visitatserne. Ved mødevirksomheden mødtes biskoppen med sine provster og noget af stiftets gejstlighed og debatterede evt. ændringer problemer. På Visitatserne rejste biskoppen på et personligt besøg i hvert enkelt sogn i stiftet. Her skulle han føre tilsyn med de økonomiske forhold, forkyndelsen, præsten og menighedens religiøse standpunkt. På denne måde blev det kontrolleret at den lutherske tro var religionen i alle Danmarks kroge.
Der kommer to nye møbler ind i kirkerne. Prædikestolen og bænkene, hvor man tidligere havde enkelt løse stole. Prædikestolen skulle sikre at ordets forkyndelse klart hørtes i kirken. Prædiken havde fået en mere fremtrædende plads, og derfor måtte man også have bænke, så folk kan sidde i ro og lytte. Princippet for gudstjenester blev hermed født, og det samme gjorde skoleprincippet.