Kongen der endelig skulle træde frem og officielt fuldbyrdede den lutherske reformation og statsstyreskiftet, blev Christian III, Frederik I’s søn, den forhenværende hertug Christian.
Valgt til konge af rigsrådet i 1534, var Christian III var et dybt religiøst menneske og levede et oprigtigt luthersk fromhedsliv, med stor interesse for teologiske problemer.
Man hævder at hans deltagelse i rigsdagssamling i Worms 1521 gjorde et uforglemmeligt indtryk på hertug Christian, som vendte hjem som glødende lutheraner. Her forsvarede Luther nemlig sin holdning over for den katolske kirke.
Han nægtede at tilbagekalde sin opfattelse og blev derfor lyst i band. Christian III var den første konge længe der var fredelig, ikke aggressiv, ikke erobringslysten og ikke følte trang til udvidelse af magten for magtens skyld. Alt dette, sammen med den brændende lutherske overbevisning, gjorde måske, at Christian III blev den konge der endelig skulle gennemføre reformationen i Danmark.
Men hertug Christian skulle først blive konge af Danmark, hvilket rigsrådet skulle godkende. Umiddelbart efter Frederik I’s død i 1533 skriver hertug Christian i et brev at han hellere ville gå barfodet som en tigger bort fra sine riger, end lade sig aftvinge den mindste indrømmelse mod lutherdommen.
Et betænkeligt rigsråd udsatte kongevalget til året efter, hvor de uvilligt anmoder Christian om at overtage tronen i 1534. Lübeck, under ledelse af Grev Christoffer af Oldenburg, havde nemlig besat hele den østlige del af Danmark. Formålet var at genvinde riget for den fangne Christian II, hvilket modtog hyldest mange steder.
Grevens Fejde var indtrådt, og Danmark behøvede en konge. Efter to års møjsommelig krigsførelse, sluttede Christian III, I februar 1536, fred med Lübeck. Efter et års belejring indtog Christian III København. Den 6. august holdt han sit indtog i den udsultede by, og genforenede Danmark. Grev Christoffer blev landsforvist, og Christian III beviste med sejren sin næsten uovervindelige magt.