Christian III havde vundet sit rige gennem en kamp hvor han, ved sin udholdenhed og politisk dygtighed, havde vakt stor respekt i riget. Han styrede en stærk, loyal og krigstrænet hær til København, men var ikke alene om sagen. Bag ham stod en mindre gruppe tyske rådgivere og feltøverster, der var villige til at hjælpe ham med at styrke kongemagtens stilling.
Christian III blev også støttet af slægtninge og venner blandt de tyske fyrster og danske hertuger, der havde skudt penge i hans hær. Christian III havde bl.a. kontakt med den lutherske Philipp af Hessen, en vigtig tysk politiker, som har del i reformationens gennemførsel i Tyskland. Den protestantiske del af adelen stod også bag ham, og det blev resten af adelen også nødt til, da Christian III’s hær overbeviste dem om at han virkelig var landets overherre.
Med baglandet i orden, arresterede og fængslede Christian III de danske katolske biskopper, som politiske forbrydere, den 12. august 1536. I løbet af to dage var de alle taget til fange.
På samme tid blev København sat under bevogtning til lands og vands, så ingen kunne komme eller ud, uden tilladelse fra kongens myndigheder. Denne afspærring skulle være der i tre dage, hvor kongen den første dag sendte bud efter det verdslige rigsråd og biskoppen fra Århus, som han nærede sympati for. De blev konfronteret med beslutningen om fængslingen, og det blev gjort klart for dem, at der ikke ville ske noget med bisperne, hvis de godkendte krigsrådets handling. Desuden ville dem der ikke godkendte det, selv blive fængslet.
Rigsrådet skrev hurtigt under, hvorimod biskoppen fra Århus måtte en tur i fængsel. Indholdet af dokumentet, det såkaldte forpligtelsesbrev, indeholdt bl.a. aftalen om at landet for fremtiden udelukkende skulle styres verdsligt. Der stod også, at bisper og biskopperne, stadig skulle eksistere, men nu i den kristneprotestantiske kirke. Hvis katolikkerne og protestanterne blev enige om at danne en samlet kirke, ville det blive accepteret af kongen, såfremt det accepteres af alle de europæiske lande. Et andet vigtigt punkt i dokumentet forpligter rigsråderne til ikke at modarbejde den protestantiske kristendomsforståelse.
Faktisk havde kongen i en kort periode overvejet at fængsle rigsrådet også, men blev rådet fra det, da det var for risikabelt. De skrev under på, at hele landets bispegods skulle beslaglægges til fordel for kronen og at der i oktober 1536 ville blive afholdt et slags stændermøde, hvor kongen mødtes med repræsentanter fra hele riget. Udover at kongen på dette møde ville forklare hvad der var sket med forholdet mellem kirke og stat, repræsenterede det en ny måde at tænke på. Med dette statskup blev den mest afgørende fase af den danske reformation gennemført, som det mest dramatiske sted i Europa. Årstallet 1536 forbindes derfor som regel med reformationens indførelse i Danmark. Det var i hvert fald her den politisk set begyndte.